Einfach dranpappen ohne Irgendwas? Geht zumindest prima mit den Standardsonden.
Hast du pro Sonde ein Kommandopod verbaut (also irgend eine robotische Steuereinheit eingefügt)? Dann solltest du nach dem absprengen mit 'ß' zur jeweiligen Sonde wechseln können, bzw. kannst du dann über die große Antenne im Space Center (hab grad den Namen vergessen 
) die jeweilige Sonde ansteuern...
Hab gerade das selbe Problem. Will eine Mission nach laythe schicken mit 2 isa Sonden. Wenn ich die fertigen Sonden an meine Trägerrakete stecken will (Docking port) klappt das nicht. 
Werd sie wohl erst im Orbit zusammen bauen. genau so wie der Kethane Wandler und die bemannte Landeeinheit. Fotos folgen später. Hoffe das klappt. 
Hab glaube ich schon gefühlte 1000 Raketen gesprengt. 
Wenn die Abkoppelbar sein sollen und dann einzeln steuerbar sein sollen müssen die n Kommandopod oder n Mechjeb Modul haben, sonst sinds debris 
N Pod nachträglich einfügen geht glaube nicht, mit nem Mechjebmodul sollte das gehen, da kan man mehrere verbauen.
Pods kann man auch so viel wie nötig verbauen - ich nehm immer die ganz kleinen Probodobodyne OKTO2 und papp die auf die Teile, die ich nach der Seperation noch einzeln steuern möchte...
Ich war bisher kein großer Freund von Sonden und habe mich daher nur auf das Bauen von Raketen an sich konzentriert.
Jedoch habe ich aktuell eine Mission zu Duna und Ike am Laufen, die das Abbauen von Kethan beinhalten wird. Deshalb habe ich ein - naja - 1-Mann-Vorauskommando losgeschickt, an dessen Schiff seitlich die 2 Sonden angebracht sind. (siehe Screenshot)
Auf diese Weise kann ich im Anflug auf das Duna-System beide Sonden inclusive "Halterungen" abkoppeln und mit dem 1-Mann-Pod in einen normalen Duna-Orbit um den Äquator einschwenken und auf die im Rückspiegel zu sehenden Nachschub-Lieferungen warten.
Ich glaube, einfacher kann man es nicht machen. Jedoch ist dies hier nicht gerade ein "Trägerschiff", wie man es sich vielleicht in Größe und Umfang vorstellt. Jedoch ist die seitliche Anbringungsweise nicht schlecht, wenn du mit Sonden arbeiten möchtest. 
-.MfG Etorofu.-